В системе источников атомного законодательства подзаконные акты расположены в определенной иерархии и занимают значительное место. К подзаконным актам относят прежде всего нормативные правовые акты Президента РФ, Правительства РФ, министерств и ведомств. Если законами устанавливаются основное содержание правовых норм, то подзаконные акты конкретизируют и развивают указанные нормы. Например, Федеральным законом «О радиационной безопасности населения» закрепляется право на радиационную безопасность. Это право обеспечивается за счет проведения комплекса мероприятий по предотвращению радиационного воздействия на организм человека ионизирующего излучения выше установленных норм радиационной безопасности. А сами нормы радиационной безопасности определены в подзаконном акте - Нормах радиационной безопасности, утвержденных Главным государственным санитарным врачом РФ 2 июля 1999 г.
Нормотворческая компетенция Президента РФ предусмотрена ст. 90 Конституции РФ, согласно которой Президент РФ принимает акты в форме указов и распоряжений. Источниками атомного законодательства являются те из них, которые устанавливают нормы и правила в области использования атомной энергии. Указы и распоряжения главы государства обязательны для  исполнения на всей территории России. Как подзаконные акты они не должны противоречить Конституции РФ и федеральным законам. Круг отношений, регулируемых актами Президента весьма широк. К числу таких актов можно отнести:

•     Указ Президента РФ от 2 июля 1996 г. N 1012 «О гарантиях безопасного и устойчивого функционирования атомной энергетики Российской Федерации»;
•     Указ Президента РФ от 20 апреля 1995 г. N 389 «О дополнительных мерах по усилению контроля за выполнением требований экологической безопасности при переработке отработавшего ядерного топлива»;
•     Указ Президента РФ от 21 января 1997 г. N 26 «О федеральных органах исполнительной власти, уполномоченных осуществлять государственное регулирование безопасности при использовании атомной энергии»;
• Указ Президента РФ от 8 февраля 1996 г. N 166 «О совершенствовании управления предприятиями ядерно-топливного цикла»;
•     Распоряжение от 26 июля 1995 г. «Вопросы государственного надзора за ядерной и радиационной безопасностью»;

и другие.
На практике конституционное положение соответствия актов Президента РФ положениям Конституции РФ и федеральных законов иногда нарушается. Так, 25 января 1995 г. Президент РФ принял Указ «О государственной поддержке структурной перестройки и конверсии атомной промышленности в г. Железногорске Красноярского края», предусматривающий ввоз иностранного отработавшего ядерного топлива для длительного хранения, а по сути захоронения. Противоречащие федеральном законодательству положения Указа были обжалованы лидерами экологических общественных объединений в Верховном Суде РФ. Верховный Суд в апреле 1996 г. признал положение Указа, о приеме Горно-химическим комбинатом отработавшего ядерного топлива из-за рубежа, противоречащим  ч. 3 ст. 50 Закона «Об охране окружающей природной среды». Согласно указанной норме, ввоз в целях хранения или захоронения радиоактивных отходов и материалов из других государств, затопление, отправка в целях захоронения в космическое пространство радиоактивных отходов и материалов запрещается. Поэтому обжалуемое положение Указа Президента РФ было признано недействительным.
Правительство РФ исполняя свои полномочия также издает нормативные правовые акты. Согласно ст. 115 Конституции РФ Правительство издает постановления и распоряжения на основании и во исполнение Конституции РФ, федеральных законов, нормативных указов Президента.

Согласно ст. 9 Федерального закона «Об использовании атомной энергии»
Правительство Российской Федерации в области использования атомной энергии:

• издает на основании и во исполнение Конституции Российской Федерации, федеральных законов, нормативных указов Президента Российской Федерации постановления и распоряжения в области использования атомной энергии;
• организует разработку и обеспечивает выполнение федеральных целевых программ в области использования атомной энергии;
• определяет функции, порядок деятельности, права и обязанности органов управления использованием атомной энергии и органов государственного регулирования безопасности в соответствии с законодательством Российской Федерации;
• осуществляет управление находящимися в федеральной собственности ядерными материалами, ядерными установками, радиационными источниками, пунктами хранения и радиоактивными веществами;

• принимает решения о проектировании, сооружении, эксплуатации, выводе из эксплуатации ядерных установок, радиационных источников и пунктов хранения, находящихся в федеральной собственности либо имеющих федеральное или межрегиональное значение, в том числе расположенных на территориях закрытых административно-территориальных образований;

• принимает решения о разработке и производстве имеющих оборонное назначение ядерных установок, радиационных источников, пунктов хранения;

• принимает меры по социальной защите граждан, обеспечивает выплаты социально-экономических компенсаций за негативное воздействие ионизирующего излучения и за дополнительные факторы риска работникам объектов использования атомной энергии;

• обеспечивает выплату сумм по возмещению ущерба от радиационного воздействия в соответствии со статьей 57 настоящего Федерального закона;

• устанавливает порядок экспорта и импорта ядерных установок, оборудования, технологий, ядерных материалов, радиоактивных веществ, специальных неядерных материалов и услуг в области использования атомной энергии;

• решает вопросы ввоза в Российскую Федерацию отработавшего ядерного топлива в целях его переработки, включая технологический процесс временного хранения до его переработки, в соответствии с законом;

• обеспечивает физическую защиту ядерных материалов, а также находящихся в федеральной собственности ядерных установок, радиационных источников, пунктов хранения и радиоактивных веществ;

• осуществляет контроль за выполнением обязательств Российской Федерации по международным договорам Российской Федерации в области использования атомной энергии;

• координирует международное сотрудничество Российской Федерации в области использования атомной энергии;

• осуществляет иные полномочия, возложенные на него Конституцией Российской Федерации, федеральными законами и указами Президента Российской Федерации.

Примером актов Правительства РФ в области использования атомной энергии могут быть:

• Постановление Правительства РФ от 22 апреля 2002 г. N 265 «Об утверждении Положения о Федеральном надзоре России по ядерной и радиационной безопасности»;
• Постановление Правительства РФ от 19 марта 2001 г. N 204 «Об утверждении Положения о государственном компетентном органе по ядерной и радиационной безопасности при перевозках ядерных материалов, радиоактивных веществ и изделий из них»;
• Постановление Правительства РФ от 24 марта 2000 г. N 252 «О департаментах Министерства Российской Федерации по атомной энергии»;
• Постановление Правительства РФ от 15 декабря 2000 г. N 962 «Об утверждении Положения о государственном учете и контроле ядерных материалов».

Министерства и ведомства также издают правовые акты в сфере регулирования отношений по использованию атомной энергии. При этом акты специальных уполномоченных государственных органов в области использования атомной энергии наделенных надведомственной компетенцией, являются обязательными для других министерств и ведомств, юридических и физических лиц, общественных объединений. Акты министерств и ведомств, осуществляющих отраслевое управление, обязательны для исполнения в пределах соответствующей отрасли.

Согласно Указа Президента РФ от 21 января 1997 г. N 26 «О федеральных органах исполнительной власти, уполномоченных осуществлять государственное регулирование безопасности при использовании атомной энергии»  Федеральный надзор России по ядерной и радиационной безопасности, Министерство здравоохранения Российской Федерации, Федеральный горный и промышленный надзор России и Министерство внутренних дел Российской Федерации являются органами государственного регулирования ядерной, радиационной, технической и пожарной безопасности при использовании атомной энергии. Указанные органы издают акты в сфере регулирования безопасности при использовании атомной энергии.

Отраслевое регулирование в области использования атомной энергии осуществляет Министерство Российской Федерации по атомной энергии (Минатом России). Его компетенция закреплена в положении, утвержденном Постановлением Правительства РФ от 5 апреля 1997 г. № 392.
Согласно п. 7 указанного положения  Минатом России издает в установленном порядке в пределах своей компетенции ведомственные нормативные акты, обязательные для исполнения предприятиями и организациями ядерного комплекса. В большинстве своем данные акты имеют форму приказов, например:

• Приказ Минатома РФ и МПС РФ от 15 февраля 2002 г. N 78/5 «Об утверждении Положения об организации работ по ликвидации последствий аварий при перевозке ядерных материалов и радиоактивных веществ федеральным железнодорожным транспортом (ПЛА-2001)»;

• Приказ Минатома РФ от 21 августа 2001 г. N 464 «Об утверждении и введении в действие форм отчета в области государственного учета и контроля ядерных материалов, порядка и периодичности представления отчетов»;
• Приказ Минатома РФ от 29 марта 2000 г. N 169 «Об утверждении Положения о порядке выдачи свидетельства на право управления предприятием ядерно-энергетического комплекса» и др.